門診特殊慢性病病種有38種，分別為冠心病、高血壓（非高危、高危組）（職工醫保無高血壓非高危組病種）、糖尿病、甲狀腺功能亢進癥、慢性肝炎治療鞏固期、慢性阻塞性肺疾病、銀屑病、嚴重精神障礙、類風濕性關節炎、腦血管病后遺癥、系統性紅斑狼瘡、帕金森氏綜合征、慢性充血性心衰、肝硬化、結核（活動期）、再生障礙性貧血、腎病綜合征、癲癇、腦癱、重癥肌無力、風濕性心臟病、肺源性心臟病、強直性脊柱炎、甲狀腺功能減退癥、重型和中間型地中海貧血、血友病、慢性腎功能不全（非腎透析）、腎透析、惡性腫瘤門診治療、器官移植抗排異治療、耐藥性結核病、肺動脈高壓、阿爾茨海默病、艾滋病、原發性免疫性血小板減少癥、心房顫動、支氣管哮喘（限中度及以上）、抑郁癥（限重度）。